CYM5520

别名: CYM-5520; CYM5520; 1449747-00-5; 1-[2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxo-ethyl]-6-oxo-1,6-dihydro-pyridine-3-carbonitrile; 1-[2-[2,5-Dimethyl-1-(phenylmethyl)-1H-pyrrol-3-yl]-2-oxoethyl]-1,6-dihydro-6-oxo-3-pyridinecarbonitrile; 1-(2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxoethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carbonitrile; 1-[2-(1-BENZYL-2,5-DIMETHYLPYRROL-3-YL)-2-OXOETHYL]-6-OXOPYRIDINE-3-CARBONITRILE; CYM 5520.
目录号: V4924 纯度: ≥98%
CYM5520 (CYM-5520) 是一种吡咯基酮类似物,是一种新型、有效、选择性的 1-磷酸鞘氨醇受体 2 变构激动剂,具有抗骨质疏松活性。
CYM5520 CAS号: 1449747-00-5
产品类别: New7
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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纯度/质量控制文件

纯度: ≥98%

产品描述
CYM5520 (CYM-5520) 是一种吡咯酮类似物,是一种新型、有效、选择性的 1-磷酸鞘氨醇受体 2 变构激动剂,具有抗骨质疏松活性。它抑制 S1P2,对 S1PR2 的 EC50 为 480 nM;它的绑定与JTE-013不具有竞争性。 CYM-5520 对 S1PR1、S1PR3、S1PR4 或 S1PR5 不表现出任何激动活性。它充当野生型和三重突变体 S1PR2 的完全激动剂(EC50 分别 = 1.6 和 1.5 µM)
生物活性&实验参考方法
靶点
S1PR2 (sphingosine 1-phosphate receptor 2)
体外研究 (In Vitro)
CYM-5520 是野生型 S1PR2 的完全激动剂,EC50 为 1.6 μM。虽然 CYM-5520 是一种 EC50 为 1.5 μM 的激动剂,但用 S1P 刺激表达三重突变体 S1PR2 的细胞不会刺激荧光素酶活性 [1]。
体内研究 (In Vivo)
骨质减少切除手术后,CYM-5520(10 mg/kg;腹腔注射;每周 5 天;持续 6 周)治疗显着增加长骨和椎骨骨量。此外,CYM-5520 还可提高碱性磷酸酶、成骨细胞计数和前胶原 IC 末端前肽(骨合成代谢标志物)的浓缩浓度 [2]。
酶活实验
33P-S1P放射性配体竞争结合试验[1]
采用Sphingosine, D-erythro [33P] 1-phosphate。将S1PR2-CRE bla细胞接种到24孔板的孔中,20万个细胞加入1.0 mL生长培养基,在100%湿度、5% co2、37℃的培养箱中培养过夜。检测前将培养基替换为1% CDS血清培养基4小时。在4°C时,将培养基去除,并在结合缓冲液(20 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 15 mM NaF和新鲜添加的1 mM Na3VO4和蛋白酶抑制剂)中替换为测试化合物或载体对照。
Glo-sensor cAMP瞬时转染试验[1]
使用Fugene HD将GloSensor载体(pGLoSensor-20FcAMP, Promega)转染到S1PR2-eGFP或S1PR2-TM-eGFP Jump-In CHO细胞中。第二天,用0.05%胰蛋白酶EDTA收获细胞,在含有2%糖葡聚糖剥离血清的CO2独立培养基中重悬至500,000个细胞/mL,加入20 μL细胞悬液于384孔组织培养处理过的白板中,在37℃,5% CO2条件下孵育过夜。然后加入25 uL含有2%CDS和4% GloSensor Reagent的CO2独立培养基,室温孵育2小时。加入拮抗剂(JTE-013)或对照物孵育20分钟,然后加入激动剂化合物或S1P。15分钟后,在Perkin Elmer Envision平板阅读器上读取发光。
细胞实验
Jump-In CHO S1PR2野生型和头组三突变细胞系[1]
利用多位点Gateway克隆技术,从pEnter-15- S1pr2和pENTER-52-eGFP中获得帧内S1pr2- egfp表达构建体。将S1pr2-eGFP融合蛋白表达载体克隆到pDEST-CMV-JTI中。通过与S1PR1比对,确定了S1PR2头基团结合侧链。这些突变是通过重叠寡核苷酸PCR产生的。14通过重叠寡核苷酸PCR诱变产生三突变体S1PR2 (R108A、E109A和K269A)。所有构建体均经DNA测序证实。将这些载体转染到CHO JumpIn细胞中,并用10微克/毫升囊胚杀虫素进行筛选通过流式细胞仪对GFP阳性细胞进行分选,形成了一个均匀的细胞池。
动物实验
Animal/Disease Models: Ovariectomized 12weeks old C57Bl6J mice[2]
Doses: 10 mg/kg
Route of Administration: ip; 5 days per week; 6 weeks
Experimental Results: Correction of ovariectomized mice by inducing new bone formation Osteopenia.
Ovariectomized 12 weeks old C57Bl6J mice were purchased from Charles River Laboratories. Mice were housed in SPF cages without any pathogens and with access to mouse chow and water ad libitum. Treatment was started 5 weeks after OVX. 1E)-1-(4-((1R,2S,3R)-1,2,3,4-Tetrahydroxybutyl)-1H-imidazol-2-yl)ethanone oxime (LX2931) was synthesized according to the known procedure and administered with the drinking water at 200 mg/kg/day for 6 weeks. CYM5520 was administered intraperitoneally at 10 mg/kg/day for 5 consecutive days per week for 6 weeks. The total number of mice used in the whole study was 21. Every effort was taken to minimize the number of animals used and their suffering.[2]
参考文献

[1]. A sphingosine 1-phosphate receptor 2 selective allosteric agonist. Bioorg Med Chem. 2013 Sep 1;21(17):5373-82.

[2]. Agonist-induced activation of the S1P receptor 2 constitutes a novel osteoanabolic therapy for the treatment of osteoporosis in mice. Bone. 2019 Aug;125:1-7.

其他信息
Molecular probe tool compounds for the Sphingosine 1-phosphate receptor 2 (S1PR2) are important for investigating the multiple biological processes in which the S1PR2 receptor has been implicated. Amongst these are NF-κB-mediated tumor cell survival and fibroblast chemotaxis to fibronectin. Here we report our efforts to identify selective chemical probes for S1PR2 and their characterization. We employed high throughput screening to identify two compounds which activate the S1PR2 receptor. SAR optimization led to compounds with high nanomolar potency. These compounds, XAX-162 and CYM-5520, are highly selective and do not activate other S1P receptors. Binding of CYM-5520 is not competitive with the antagonist JTE-013. Mutation of receptor residues responsible for binding to the zwitterionic headgroup of sphingosine 1-phosphate (S1P) abolishes S1P activation of the receptor, but not activation by CYM-5520. Competitive binding experiments with radiolabeled S1P demonstrate that CYM-5520 is an allosteric agonist and does not displace the native ligand. Computational modeling suggests that CYM-5520 binds lower in the orthosteric binding pocket, and that co-binding with S1P is energetically well tolerated. In summary, we have identified an allosteric S1PR2 selective agonist compound. [1]
Molecular probe tool compounds for the Sphingosine 1-phosphate receptor 2 (S1PR2) are important for investigating the multiple biological processes in which the S1PR2 receptor has been implicated. Amongst these are NF-κB-mediated tumor cell survival and fibroblast chemotaxis to fibronectin. Here we report our efforts to identify selective chemical probes for S1PR2 and their characterization. We employed high throughput screening to identify two compounds which activate the S1PR2 receptor. SAR optimization led to compounds with high nanomolar potency. These compounds, XAX-162 and CYM-5520, are highly selective and do not activate other S1P receptors. Binding of CYM-5520 is not competitive with the antagonist JTE-013. Mutation of receptor residues responsible for binding to the zwitterionic headgroup of sphingosine 1-phosphate (S1P) abolishes S1P activation of the receptor, but not activation by CYM-5520. Competitive binding experiments with radiolabeled S1P demonstrate that CYM-5520 is an allosteric agonist and does not displace the native ligand. Computational modeling suggests that CYM-5520 binds lower in the orthosteric binding pocket, and that co-binding with S1P is energetically well tolerated. In summary, we have identified an allosteric S1PR2 selective agonist compound.[2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C21H19N3O2
分子量
345.394464731216
精确质量
345.147
元素分析
C, 73.03; H, 5.54; N, 12.17; O, 9.26
CAS号
1449747-00-5
PubChem CID
25110470
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
1.2±0.1 g/cm3
沸点
580.5±50.0 °C at 760 mmHg
闪点
304.9±30.1 °C
蒸汽压
0.0±1.6 mmHg at 25°C
折射率
1.611
LogP
2.52
tPSA
66.1
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
5
重原子数目
26
分子复杂度/Complexity
666
定义原子立体中心数目
0
InChi Key
FMYGNANMYYHBSU-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C21H19N3O2/c1-15-10-19(16(2)24(15)13-17-6-4-3-5-7-17)20(25)14-23-12-18(11-22)8-9-21(23)26/h3-10,12H,13-14H2,1-2H3
化学名
1-[2-[2,5-Dimethyl-1-(phenylmethyl)-1H-pyrrol-3-yl]-2-oxoethyl]-1,6-dihydro-6-oxo-3-pyridinecarbonitrile
别名
CYM-5520; CYM5520; 1449747-00-5; 1-[2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxo-ethyl]-6-oxo-1,6-dihydro-pyridine-3-carbonitrile; 1-[2-[2,5-Dimethyl-1-(phenylmethyl)-1H-pyrrol-3-yl]-2-oxoethyl]-1,6-dihydro-6-oxo-3-pyridinecarbonitrile; 1-(2-(1-Benzyl-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl)-2-oxoethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carbonitrile; 1-[2-(1-BENZYL-2,5-DIMETHYLPYRROL-3-YL)-2-OXOETHYL]-6-OXOPYRIDINE-3-CARBONITRILE; CYM 5520.
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~50 mg/mL (~144.76 mM)
溶解度 (体内实验)
配方 1 中的溶解度: ≥ 2.5 mg/mL (7.24 mM) (饱和度未知) in 10% DMSO + 90% Corn Oil (这些助溶剂从左到右依次添加,逐一添加), 澄清溶液。
例如,若需制备1 mL的工作液,可将100 μL 25.0 mg/mL 澄清 DMSO 储备液加入900 μL 玉米油中,混合均匀。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.8953 mL 14.4764 mL 28.9528 mL
5 mM 0.5791 mL 2.8953 mL 5.7906 mL
10 mM 0.2895 mL 1.4476 mL 2.8953 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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